La storia di Spriana si distingue da quella degli altri comuni facenti parte della Valmalenco, poiché sin anticamente esso apparteneva alla Comunità di Montagna in Valtellina. Già nel Quattrocento era presente la chiesa dedicata a S. Gottardo e serviva per le funzioni religiose di tutto il territorio che corrisponderà al futuro Comune di Spriana. Nel 1624 Spriana si erge come parrocchia autonoma. Ciò costituirà anche un primo passo verso l’autonomia amministrativa e l’istituzione del Comune autonomo, cosa che avverrà solo nel 1816, sotto il Regno Lombardo-Veneto. Con il Regno d’Italia e l’imposizione di leggi nazionali che prevedevano nuove gabelle sul consumo di alcuni prodotti come zucchero, caffè, tabacco, si sviluppò molto fiorente anche a Spriana, come in tutta la Valmalenco, il contrabbando con la vicina Svizzera. Esso contribuì a sopperire ai magri proventi della poca terra coltivabile che gli abitanti di Spriana avevano a loro disposizione. Per stroncare il contrabbando, nei primi del Novecento fu costruita una caserma della Guardia di Finanza in Val di Togno, sul confine con il comune di Montagna in Valtellina. Nel corso del Novecento, Spriana fu teatro di una massiccia emigrazione verso l'Argentina, l’Australia e la Lombardia, soprattutto il Varesotto e Sondrio. Tra il 1960 e il 1965, un grave rischio di frana causò l’evacuazione forzata di gran parte della popolazione dalle contrade di Bedoglio, Cucchi e Erta segnando profondamente la storia recente del comune.
Il paese ha un unico nucleo centrale, adagiata sul versante verso il Mallero si trova la contrada di Scilironi, e, in posizione più elevata sorgevano, i nuclei di Bedoglio e Cucchi, ora quasi del tutto disabitati.