L’antica chiesa di S. Giacomo era stata costruita dai Capitanei intorno all’XI secolo, probabilmente sull’onda della diffusione dei pellegrinaggi dalle regioni settentrionali verso San Giacomo di Compostela. Anche questa chiesa infatti, sorta su un luogo di passaggio e di sosta obbligato per coloro che transitavano lungo la via ‘cavallera’ del Muretto, al pari delle numerose chiese edificate lungo le antiche vie di accesso ai valichi alpini, rappresenta una delle molteplici testimonianze della religiosità locale sviluppatasi nelle valli retiche durante il basso Medioevo. Durante le lotte per le investiture, i Capitanei cedettero la chiesa di S. Giacomo alla chiesa di Roma, riservandosi tuttavia il diritto di patronato. La ritroviamo infatti menzionata per la prima volta nel 1192 dal Liber censum della Chiesa romana alla quale, la chiesa malenca versava un tributo annuo di 12 denari imperiali, in segno di dipendenza. Con il diritto di patronato, i Capitanei si riservavano la facoltà di nominare (e quindi di stipendiare) un chierico da affiancare al curato nelle funzioni liturgiche. Tale diritto fu poi assegnato all’arciprete di Sondrio da Contessa Capitanei, nel 1359.
Lungo il corso del secolo XIV, la chiesa assunse la doppia intitolazione di chiesa dei SS. Giacomo e Filippo: Ecclesia in loco de Malenco, sub vocabulo S.S. Jacobi et Philippi.
In seguito alla diffusione della riforma protestante, che aveva visto anche nel borgo di Chiesa il formarsi di una comunità evangelica politicamente e socialmente molto influente, anche la chiesa dei SS. Giacomo e Filippo dovette essere spartita, per parecchi anni, con i protestanti. Con la Dieta di Ilanz del 1557, il governo delle Tre Leghe aveva infatti imposto alle comunità valtellinesi di cedere ai riformati un tempio per il loro culto; laddove esisteva una chiesa sola, i cattolici erano tenuti a dividerla con i riformati. L’utilizzo delle chiese di Chiesa e Lanzada, le uniche comunità malenche dove si era diffusa la Riforma, fu regolato da un importante patto stipulato nel 1565 che regolava l’uso a turni dei due edifici religiosi tra i curati cattolici e i ministri riformati. I cattolici, che erano la stragrande maggioranza della popolazione, mal sopportarono di dover cedere, a turno, l’uso della propria chiesa ai protestanti, considerato inoltre che questi ultimi, in conformità ai dettami del credo riformato, pretendevano che le chiese fossero spoglie di immagini e suppellettili.
A questa difficile situazione derivata dalla convivenza forzata tra cattolici e protestanti, si aggiunse nel 1579 la parziale distruzione della chiesa dei SS. Giacomo e Filippo a causa di una frana che si era abbattuta sul paese. La chiesa fu riattata alla bell’e meglio, ma per lunghi anni dovette versare in uno stato di deplorevole rovina, fino a che, nel 1644, il nuovo parroco, Carlo Rusca, nipote di Nicolò Rusca, fece demolire il vecchio edificio e diede inizio all’attuale tempio, il quale fu consacrato dal vescovo di Como, Ambrogio Torriani, il 13 luglio 1668.
La chiesa, tutt'ora consacrata, viene utilizzata per il culto solo alcune volte l'anno e rimane aperta al pubblico nei mesi estivi; dal 1972 al 2005 ha ospitato alcune collezioni del Museo Etnografico della Valmalenco. Adiacente alla chiesa è l'antico oratorio di S. Carlo, fondato nell'anno 1689 ad uso della Confraternita del SS. Sacramento e della Dottrina Cristiana. La festa liturgica, che diventa così anche festa patronale della Parrocchia, viene celebrata il 1° di maggio conformemente al calendario.
L’interno della chiesa è a una sola navata con due cappelle laterali. In una piccola cappella aperta sulla parete di sinistra vi è la vasca battesimale con una copertura in legno intagliato a forma di tempietto, datata 1612, mentre in una cavità è esposta una pregevole statua in legno raffigurante l’Immacolata (XVII/XVIII), la quale, precedentemente, era collocata in una nicchia della facciata esterna. Nella cappella che segue, vi è la tela raffigurante la Madonna con Bambino tra angioli musicanti e santi (XVII). Sulle pareti e sulla volta sono dipinti dei medaglioni contornati da fregi in stucco, raffiguranti scene della Vita di Gesù (XVII/XVIII). Sulla parete di destra, una cappella con la tela raffigurante la Madonna col Bambino e i santi Antonio e Biagio (?). Ai due lati della cappella sono collocate le statue lignee dei santi Giacomo e Filippo (XVII/XVIII), già nelle nicchie della facciata esterna. Sopra l’altare maggiore vi è un’ancona in stucco che contiene una tela su cui sono raffigurati la Madonna e i santi Giacomo e Filippo di Domenico Stella (1667). Sulle pareti laterali ci sono affreschi raffiguranti i Quattro evangelisti, sotto i quali sono disposti i notevoli 12 stalli corali in noce scolpito, intagliato da Johannes Schmit nel 1663. Sulla facciata dell’inginocchiatoio del primo stallo, vi è raffigurato lo stemma della famiglia Chiesa, datato 1693. Sulle pareti laterali erano appesi i 14 dipinti della Via Crucis opera di Cesare, Vittoria e Pietro Ligari, eseguiti tra il 1752 e il 1759, ora conservati presso il Santuario della Madonna degli Alpini, nuova chiesa parrocchiale di Chiesa Valmalenco.